如果不及时进行商标注册证的变更，将会面临如下不利影响：1、发生名称变更后，如果企业不及时进行商标注册人的名义变更，将面临商标被撤销的风险。
2、一旦被他人提出“撤三”，无法提供直接使用证据。所谓“撤三”，依照《商标法》第四十九条规定，任何人可以申请撤销他人没有正当理由连续三年不使用的注册商标。一旦被他人提出“撤三”申请，商标注册人如果不想商标被撤销，就必须提供注册商标的使用证据。而如果注册人的名义发生变更，必然无法直接提供以原注册人名义使用商标的证据，实际使用证据可能会不被采纳。这样势必会影响商标评审裁定结果，对注册人造成不利影响。
3、不便于商标管理和使用。
最后再强调一点，商标注册人名义变更与商标转让之间的区别：不管是商标注册人名义变更还是转让，都不会再发放新的商标注册证，而是商标局会提供相应的证明，不同的是，商标转让是甲的商标变成了乙的商标（主体改变），而名义变更则商标一直都是甲的（主体不变）。
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